Die elektronische Patientenakte wird über die besonders geschützte Telematik-Infrastruktur betrieben. Die Daten werden verschlüsselt auf Servern in Deutschland gespeichert. Jeder Zugriff auf die Daten in der ePA wird protokolliert und ist für Versicherte nachvollziehbar.
Dennoch bestehen weiterhin Bedenken bezüglich der Sicherheit sensibler Gesundheitsdaten, da stets ein Restrisiko von Cyberangriffen oder Datenmissbrauch bestehen bleibt.